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根据是否经过杀菌热处理，可以把酸奶分成低温活菌酸奶和常温杀菌型酸奶。
二者最大的区别在于是否含有活的乳酸菌，其他营养成分差别不大，都含有蛋白质、钙和维生素。如果想获得乳酸菌带来的益处，就选择低温活菌酸奶。低温酸奶买来后需要冷藏，而且保存时间越长，活菌数就会越低，如果放在室温下保存，活菌数下降得更快，因此低温酸奶最好吃新鲜的。通常保质期不到一个月的是低温酸奶。保质期在3～6个月的一般是常温酸奶。常温酸奶在出厂之前，乳酸菌就被杀死了，所以不需要冷藏。
常温酸奶和低温酸奶的营养成分差别不大，适合没有冷藏条件的人群饮用，例如大学生、民工、外出旅游的人等，对于怕凉不想喝冷藏的酸奶的人，常温酸奶也是个不错的选择。
